1993年11月14日，中共中央十四屆三中全會《關于建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》指出：要制定各種職業(yè)資格的標準和錄用標準，實行學歷文憑和職業(yè)資格兩種證書制度。

　　此時，我國的執(zhí)業(yè)藥師資格制度正在制訂之中。

　　1994年2月22日，勞動部、人事部聯(lián)合發(fā)布了《職業(yè)資格證書規(guī)定》，明確提出：執(zhí)業(yè)資格是政府對某些責任較大，社會通用性強，關系公共利益的專業(yè)(工種)實行的準入控制，是專業(yè)技術人員依法獨立開業(yè)或獨立從事某種專業(yè)技術工作學識、技術和能力的必備標準。

　　此時，我國的執(zhí)業(yè)藥師資格制度已經基本完成制訂工作，離頒布之日不到20天的時間。

　　1994年3月15日，原國家醫(yī)藥管理局與人事部聯(lián)合頒發(fā)了《執(zhí)業(yè)藥師資格制度暫行規(guī)定》，同年認定了兩批共計1000多名執(zhí)業(yè)藥師。

　　由此開始，首先在我國西藥領域拉開了執(zhí)業(yè)藥師管理的序幕。

　　1995年7月5日，原國家中醫(yī)藥管理局與人事部聯(lián)合頒發(fā)了《執(zhí)業(yè)中藥師資格制度暫行規(guī)定》。同年認定了434名執(zhí)業(yè)中藥師。

　　由此開始，在我國中西藥領域都展開了執(zhí)業(yè)藥師管理工作。

　　1995年10月，進行了首次執(zhí)業(yè)藥師資格考試。

　　1996年10月，進行了首次執(zhí)業(yè)中藥師資格考試。

　　1997年1月，《中共中央、國務院關于衛(wèi)生改革與發(fā)展的決定》又明確提出要建立執(zhí)業(yè)藥師資格制度。

　　1994至1998年這段時間，可以說是執(zhí)業(yè)藥師管理工作的起步階段。此間，執(zhí)業(yè)藥師資格制度只在藥品生產、經營領域施行;執(zhí)業(yè)藥師的作用、重要性沒有得到足夠和廣泛的重視，藥學技術人員報考執(zhí)業(yè)藥師的積極性一度不高，執(zhí)業(yè)藥師數(shù)量增長緩慢。然而，這一階段卻為以后執(zhí)業(yè)藥師管理工作的發(fā)展打下了重要的基礎。

　　1998年8月，國務院機構改革，組建了國家藥品監(jiān)督管理局，賦予其實施執(zhí)業(yè)藥師資格制度的職能，揭開了我國執(zhí)業(yè)藥師管理工作新的篇章。

　　1999年4月1日，國家藥品監(jiān)督管理局與人事部以人發(fā)[1999]34號文件聯(lián)合頒布了修訂過的《執(zhí)業(yè)藥師資格制度暫行規(guī)定》，執(zhí)業(yè)藥師資格制度實行全國統(tǒng)一大綱、統(tǒng)一考試、統(tǒng)一注冊、統(tǒng)一管理，分類執(zhí)業(yè)�！秷�(zhí)業(yè)藥師資格制度暫行規(guī)定》在制度上使執(zhí)業(yè)藥師管理覆蓋了藥品生產、經營和使用領域。

　　隨后依據(jù)《執(zhí)業(yè)藥師資格制度暫行規(guī)定》，相繼修訂發(fā)布了相配套的《執(zhí)業(yè)藥師資格考試實施辦法》、《執(zhí)業(yè)藥師注冊管理暫行辦法》、《執(zhí)業(yè)藥師繼續(xù)教育管理暫行辦法》等一系列規(guī)范性文件。

　　繼1996年制定的高級職稱藥學人員雙科考試政策之后，1999年開始實行了合理下調報考人員工作年限、考試周期改為兩年等政策。在執(zhí)業(yè)藥師管理工作中，執(zhí)業(yè)藥師資格考試認證政策更趨于科學、合理，調動了廣大藥學技術人員報考執(zhí)業(yè)藥師的積極性。

　　此時，執(zhí)業(yè)藥師數(shù)量增長開始加快。

　　1999年10月，處方藥與非處方藥流通分類管理試點方案出臺，試點工作啟動，深圳、無錫、棉陽三個地區(qū)和廣州、南京、北京、哈爾濱等地的部分藥品零售連鎖企業(yè)成為第一批試點地區(qū)和試點企業(yè)。