黃檗的樹皮含小檗堿約1.6%，并合少量黃柏堿，木蘭花堿，藥根堿，掌葉防已堿，白栝樓堿，蝙蝠葛任堿，胍;另含檸檬苦素即黃柏內(nèi)酯，黃柏酮及γ-，β-谷甾醇，菜油甾醇，豆甾醇，7-去氫豆甾醇，白鮮交酯，黃柏酮酸，青螢光酸，24-亞甲基環(huán)木菠蘿醇，γ-羥基丁烯內(nèi)酯衍生物(黃柏)Ⅰ、Ⅱ，牛奶樹醇-B，小檗紅堿.根皮中分離出小檗堿約9%，尚有藥根堿，白栝樓堿，黃柏堿。

　　黃檗的果實中含少量小檗堿，掌葉防己堿;另含揮發(fā)油約2.16%，油中主要成分為月桂烯約92%，還有少量甲基王酮，微量甲基庚酮以及可能是牻牛兒醇的物質(zhì)。此外還含有南美花椒酸胺，5，5‘-二甲基糠醛醚。

　　黃檗的葉含黃酮類化合物達10%，從中分離出黃柏甙，去氫黃柏甙，黃柏環(huán)合甙，黃柏雙糖甙，去氫黃柏雙糖甙，去甲淫羊霍異黃酮次甙，異黃柏甙，去氫異黃柏甙，金絲桃甙。黃柏的葉還含有生物堿。此外還含有多糖，多糖經(jīng)水解后阿拉伯糖含量約22%-23%，鼠李糖約30%，半乳糖和半乳糖醛酸約占47%左右。另外還分得a-(1-4)-鏈(半乳糖醛酸)半乳糖。

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